Rafeindasmásjá mynd af SARS-CoV-2 kórónavírusögnum NIAID-RML/LANDSSTOFNUNIR HEILBRIGÐIS-/VÍSINDA MYNDABÓKASAFN
Veirusýni úr fólki með alvarlega öndunarfærasýkingar, eins og flensu og RSV, í Bretlandi verða reglulega prófaðar með DNA raðgreiningu í verkefni sem gæti leitt til betri meðferða og bóluefna, auk þess sem varað er við fyrrum hættulegum nýjum faraldri. Tæknin verður reynd á geymdum nefþurrkum úr covid-19 prófum sem hefjast síðar á þessu ári, áður en hún verður tekin út víðar á næsta ári.
Teymið á bak við verkefnið, sem kallast Respiratory Virus and Microbiome Initiative, segist ekki vita um neina svipaða áætlun annars staðar í heiminum, en það vonar að önnur lönd muni taka upp sömu nálgun. Til að hvetja til þess mun það gera allar aðferðir og gögn frjáls aðgengileg.
„Við vonum að það verði hægt að nota það á heimsvísu,“ segir Ewan Harrison hjá Wellcome Sanger Institute í Cambridge, Bretlandi, sem leiðir verkefnið.
Þó að hægt hafi verið að raða erfðamengi veiru í áratugi, var það aðeins á meðan á Covid-19 heimsfaraldrinum stóð sem mörg lönd fóru að raða reglulega þúsundum sýna, sem leiddi í ljós hvernig SARS-CoV-2, veiran á bak við sjúkdóminn, var þróast hraðar en búist var við. Meðal annars gerði þetta erfðafræðilega eftirlit vísindamönnum kleift að greina fyrstu omicron afbrigðin og rétt spá því að þeir myndu valda mikilli bylgju mála um allan heim.
„Í fyrsta skipti í mannkynssögunni hefur umfangsmikil erfðafræði veitt stjórnvöldum og stefnumótendum fyrirvara um hvað er að fara að gerast í faraldri og ég held að það sé mjög mikilvæg og djúpstæð breyting,“ segir Harrison. „Þetta er eitthvað sem við teljum mjög mikilvægt að byggja frekar á.
Margir aðrir vírusar, eins og RSV, geta einnig valdið alvarlegum öndunarfærasýkingum, segir hann, en skilningur okkar á þeim er afar takmarkaður. „Annað en lítið magn af erfðamengisröðun í flensutilfellum, þá er í raun ekkert venjubundið erfðafræðilegt eftirlit með þessum öðrum vírusum,“ segir Harrison.
Sem stendur sýna prófin sem almennt eru notuð til að bera kennsl á vírusa sem valda alvarlegum sýkingum aðeins hvaða tegund þau eru, svo sem nefslímuveiru eða kirtilveiru, segir Judith Breuer , veirufræðingur við University College London.
Raðgreining á öllu erfðamengi veirunnar leiðir í ljós miklu meiri upplýsingar, sem geta verið gagnlegar á margan hátt. Til að byrja með getur það hjálpað til við að tryggja að fólk fái árangursríkustu meðferðina. Sumar mótefnameðferðir við covid-19 geta verið minna árangursríkar gegn nýrri afbrigðum , til dæmis, svo læknar geta gefið aðra meðferð strax ef þeir vita að einhver er með eitt af þessum afbrigðum.
Það getur líka leitt til betri bóluefna. Þar sem SARS-CoV-2 raðgreining leiddi í ljós að omicron afbrigði höfðu breiðst út um allan heim og orðið ríkjandi, mRNA örvunarskot hafa verið uppfærð til að innihalda tvö af þessum afbrigðum til að gera bóluefnin skilvirkari gegn þeim.
Erfðafræðileg raðgreining getur einnig leitt í ljós hvernig vírusar dreifast og hjálpa því til við að halda þeim í skefjum. Til dæmis, ef þú veist aðeins að tveir einstaklingar á gjörgæslu eru með rhinoveirusýkingu, myndirðu ekki hafa hugmynd um hvort þeir væru sýktir á sjúkrahúsi eða úti í samfélaginu, segir Breuer. Raðgreining getur sagt okkur hvort þeir séu með nákvæmlega sama vírus og þess vegna hvort Sýkingavarnaaðgerðir á sjúkrahúsum þarf að bæta.
Síðast en ekki síst vonast Harrison til að koma auga á nýja sjúkdóma snemma. Líkurnar á að gera þetta verða mun meiri ef önnur lönd stunda einnig hefðbundið erfðafræðilegt eftirlit.
Það er tæknilega erfiðara að raða einhverri af tugi eða svo mismunandi gerðum af vírusum sem gætu verið til staðar í sýninu en að raða einum, sérstaklega þegar markmiðið er að gera það með ódýru prófi sem hægt væri að nota hvar sem er í heiminum. Þetta er ástæðan fyrir því að Harrison og teymi hans munu fullkomna nálgun sína með því að nota geymdar þurrkur áður en byrjað er að prófa ferska þurrku frá bráðveikum sjúklingum í samvinnu við bresku heilbrigðisöryggisstofnunina. Til lengri tíma litið er vonin að auka eftirlitið umfram þá sem eru alvarlega veikir og til annars konar vírusa.
Í bili ætla vísindamennirnir einnig að raða öllu erfðaefninu sem er til staðar í nokkrum af þurrksýnunum. Þessi aðferð, þekkt sem metagenomics, mun gera þeim kleift að bera kennsl á hvers kyns veirur, bakteríur og sveppa sem eru til staðar, sem gerir þeim kleift að rannsaka örveru öndunarfæra.
„Aðferðirnar og tæknin sem Ewan og Sanger eru að þróa verða afar gagnlegar,“ segir Breuer. „Þetta er ótrúlega mikilvægt framtak.“
Skráðu þig í ókeypis Health Check fréttabréf sem gefur þér heilsu, mataræði og líkamsræktarfréttir sem þú getur treyst, á hverjum laugardegi
